La famille est très caractérisée et les opinions diffèrent pour reconnaître ses parentés taxinomiques. Les groupes voisins les plus fréquemment proposés sont les
Monimiaceae et les
Annonaceae ; ces deux familles comportant des arbres de foret tropicale humide aux feuilles aromatiques. Les Myristicaceae achèvent la contraction de la fleur, déjà nettement marquée chez les
Lauraceae.
Pendant longtemps, les membres de cette famille furent classés dans le genre unique
Myristica, probablement parce que la fleur femelle et le fruit sont homogènes. Une étude ultérieure plus détaillée entraîna sa division en de nombreux genres, et entre 16 et 19 sont aujourd'hui reconnus, incluant
Kneama,
Virola,
Pycnanthus et
Horsfielda. Tous les genres sont principalement séparés par des différences de structure dans la colonne staminale, l'arille et l'inflorescence.