Les Monimiaceae constituent un lien intéressant avec les 
Magnoliaceae, grâce au genre intermédiaire 
Atherosperma dont la structure florale rappelle celle d'un 
Magnolia avec un axe floral concave. 
On dénombre plusieurs sous familles : 
Atherospermoideae, Hortonioideae, Siparunoideae, Monimioideae et 
Mollinedioideae.
Les nombreux genres monospecifiques de la famille comprennent 
Lauterbachia de Nouvelle-Guinée, 
Hedycaryopsis et 
Schrameckia de Madagascar, 
Amborella (formant parfois une famille indépendante, les Amborellacées) et 
Hennecartia du Paraguay et du Brésil, 
Macropeplus et 
Macrotorus de l'est du Brésil, et 
Peumus du Chili. 
Les plus grands genres sont : 
Mollinedia d'Amérique tropicale, 
Kibara de l'Indo-Malaisie, 
Tambourissa de Madagascar et des Mascareignes, 
Hedycarya de la Polynesie et de l'Australasie, 
Wilkiea de l'est australien. 
Sept genres sont parfois regroupés dans une petite famille voisine (Atherospermaceae) : 
Siparuna d'Amérique tropicale, 
Laurelia et 
Atherosperma des Etats de Tasmanie et de Victoria en Australie, et 
Doryphora sassafras des Nouvelles Galles du sud, le sassafras australien. 
Les genres 
Trimenia et 
Piptocalyx sont aussi parfois isolés en tant que famille des Trimeniaceae, et les 
Siparuna en tant que Siparunaceae.